Będą obejmowały dostosowanie metodologii i technologii związanych z efektywnymi strategiami dotyczącymi doczyszczania ścieków, przetwarzania i zagospodarowania uciążliwych odpadów organicznych, oraz dostarczenie nowej wiedzy na temat śladu węglowego powstałego w wyniku hodowli bydła mlecznego.

W Obszarze II zadanie pozwoli na opracowanie i wdrożenie rozwiązań technologicznych opartych na zasobach przyrody, czyli systemów hydrofitowych, które pozwolą na doczyszczanie ścieków i odzysk wody ze ścieków mleczarskich do powtórnego wykorzystania w rolnictwie oraz do celów socjalno-bytowych w zakładzie mleczarskim (np. do spłukiwania toalet). W ramach obszaru II będzie również opracowana i wdrożona technologia odwadniania i stabilizacji osadów ściekowych w systemach hydrofitowych. Unieszkodliwione osady ściekowe będą mogły zostać zastosowane do nawożenia gleb lub do rekultywacji terenów zdegradowanych. Zastosowane rozwiązania pozwolą także na stworzenie zamkniętych obiegów wody i materii w środowisku przyrodniczym, co jest obecnie niezbędne w aspekcie zachodzących zmian klimatu. Rozwiązania te będą mogły być polecane do zastosowania w różnych zakładach mleczarskich w celu obniżenia kosztów związanych z zagospodarowaniem ścieków i osadów ściekowych. Obszar obejmie również działanie związane z opracowaniem i testowaniem nowych koncepcji przetwarzania i zagospodarowania uciążliwych odpadów organicznych wytwarzanych w zakładach mleczarskich (m.in. osady ściekowe, serwatka kwaśna) z wykorzystaniem łączonych procesów biologicznych i termicznych. Dzięki łączeniu procesów możliwa będzie efektywna konwersja odpadów w produkty o wysokiej wartości rynkowej takie jak paliwa stałe i gazowe, adsorbenty, nawozy płynne i stałe, oraz półprodukty m.in. absorbenty, pożywki do hodowli mikroorganizmów. W ramach obszaru opracowane będą również metody wykorzystania serwatki kwaśnej w kierunku biotechnologicznego otrzymywania polimerów (np. jako składników produktów mlecznych i/lub biodegradowalnych opakowań produktów mlecznych), co wpisuje się w politykę zrównoważonego rozwoju oraz zmierza w kierunku skutecznego ograniczenia wykorzystania tworzyw sztucznych w przemyśle mleczarskim. Zaproponowane rozwiązania pozwolą na zamknięcie pętli łańcucha dostaw i wypełnienie założeń biogospodarki cyrkulacyjnej. W Obszarze II zadanie pozwoli także na dostarczenie zakładom mleczarskim wiedzy na temat faktycznego wpływu hodowli bydła mlecznego na postępujące zmiany klimatyczne (ślad węglowy). Natomiast opracowanie bezodpadowej technologii roślinnych zamienników produktów mlecznych, bazującej na lokalnych surowcach ekologicznych, może przyczynić się do zmniejszenia negatywnego wpływu zakładów mleczarskich na ekosystemy.